如何在Ubuntu16.04上使用devtools安装R包

介绍

R 是一种流行的开源编程语言，专门用于统计计算和图形。 它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。 R 易于扩展，社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。

在本教程中，我们将向您展示如何安装 devtools 并使用它直接从 GitHub 安装包。

先决条件

要继续进行，您将需要 R，安装在具有至少 1GB RAM 的 Ubuntu 16.04 服务器上和具有 sudo 权限的非 root 用户。 如何在 Ubuntu 16.04 上设置 R 可以帮助你。

第 1 步 — 为 devtools 安装系统依赖项

我们将从交互式 shell 安装 devtools，但在此之前，我们需要安装这些系统依赖项：

sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

完成后，我们就可以继续了。

第 2 步 — 安装 Devtools 包

Devtools 将使我们能够直接从 GitHub、BitBucket、本地文件安装和构建包，以及从 CRAN 安装特定版本。 为了使 devtools 在站点范围内可用，我们将以 root 身份进入 R 的 shell：

sudo -i R

在监视器中，我们将使用 install.packages() 功能从官方 Comprehensive R Archive Network (CRAN) 安装 devtools。

install.packages('devtools')

出现提示时，我们将为 0-Cloud 选择 1，它将我们连接到 RStudio 提供的内容交付网络 (CDN)，以便获得地理上最近的镜像。 做出选择后，安装将开始。 可能还要等一下。 完成后，在安装输出接近尾声时，我们应该看到：

Output...
** testing if installed package can be loaded
* DONE (devtools)

接下来，我们将在直接从 GitHub 获取和构建项目时对其进行测试。

第 3 步 — 从 GitHub 安装 R 包

在这一步中，我们将直接从 GitHub 安装 Shiny 的最新开发版本，这是一个 R 的 Web 应用程序框架。 我们将使用 devtools 提供的 install_github 函数来执行此操作。 GitHub 包由其作者 (rstudio) 及其名称 (shiny) 定义，您可以从项目主页面的 GitHub URL 中找到该名称：https://github.com/rstudio/shiny。

使用以下命令进行安装：

devtools::install_github('rstudio/shiny')

当我们在末尾附近看到以下几行并返回到 R 提示符时，安装已成功完成：

Output. . .
** testing if installed package can be loaded
* DONE (shiny)
>

我们可以使用以下命令查看我们安装的 Shiny 的特定版本：

packageVersion("shiny")

Output[1] ‘0.14.0.9000’

在下一步中，我们将快速浏览一下 Shiny。 我们首先需要执行几个系统级任务，因此我们将使用以下命令或使用 CTRL-D 退出监视器：

q()

其中任何一个都会提示您保存工作区图像，即包含用户定义对象的 R 工作环境。 这不是必需的，因此您可以安全地输入 n。

由于我们将使用 Web 浏览器来查看 Shiny 可以做什么的示例，因此我们将确保允许 Web 流量。

检查防火墙

Shiny 是一个 Web 应用程序框架，因此为了在浏览器中查看其示例，我们需要确保防火墙允许 Web 流量。 内置 Web 服务器每次启动时都会随机选择一个端口，除非它以特定值启动。 为了使防火墙管理更容易，我们将在运行示例时指定端口 4040。

让我们检查一下防火墙的状态：

sudo ufw status

在这种情况下，只允许通过 SSH：

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)

您可能有其他规则或根本没有防火墙规则。 由于在这种情况下只允许 SSH 流量，我们将添加端口 4040 并在完成后检查状态：

sudo ufw allow 4040/tcp
sudo ufw status

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
4040/tcp                   ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)
4040/tcp (v6)              ALLOW       Anywhere (v6)

配置好防火墙后，我们准备看看 Shiny。

运行闪亮：

我们将以普通用户的身份连接到 R：

R

接下来，我们将加载 shiny：

library("shiny")

Shiny 包含 11 个内置示例来演示其工作原理。 我们将加载 shiny 库，然后运行第一个示例。 因为我们在远程服务器上工作，所以我们将指定主机地址以便从我们的本地计算机进行浏览。 我们还将 launch.browser 设置为 FALSE 这样它就不会尝试在远程服务器上启动浏览器：

runExample("01_hello", host = "203.0.113.0", port = 4040, launch.browser= FALSE)

OutputListening on http://203.0.113.0:4040

让我们在网络浏览器中访问这个 URL：

我们安装 Shiny 是为了说明使用 devtools 直接从 GitHub 存储库安装。 然后我们在没有提升权限的情况下运行示例 Shiny 应用程序，以验证所有用户都可以访问该包。

重新安装稳定版 Shiny

对于生产情况，除非我们有令人信服的理由从存储库安装，否则我们将从 CRAN 安装。

让我们花点时间回到稳定包。 首先，我们将使用 CTRL-C 中断服务器，然后使用 CTRL-D 退出 R shell 并以 root 身份重新输入：

sudo -i R

由于我们退出了shell，系统会提示我们选择一个镜像，我们将再次选择1。

我们可以使用以下命令安装稳定版本，这将覆盖我们在前面步骤中完成的从 GitHub 安装：

install.packages("shiny")

让我们验证版本的变化：

packageVersion("shiny")

Output[1] ‘0.14’

输出表明我们现在运行的是稳定版本，而不是我们从 GitHub 安装的版本 0.14.9000。

注意： 我们还可以从系统命令行的DESCRIPTION文件中找到有关软件包版本的更多信息。

cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION

结论

在本教程中，我们直接从 GitHub 安装了最新的 Shiny 包，并学习了如何从 CRAN 重新安装其稳定版本。 如果您有兴趣了解更多关于 Shiny 本身的信息，您可能想看看 RStudio 的 Shiny 教程。 您可能还对 安装开源 RStudio Server 感兴趣，这是在远程 Linux 服务器上运行的 R 版本的接口，它将 IDE 带入基于服务器的部署。