如何在Ubuntu18.04上使用devtools安装R包
介绍
R 是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。 它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。 R 社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。
在本教程中，我们将介绍如何安装 devtools 并使用它直接从 GitHub 安装 R 包。
先决条件
要学习本教程，您将需要一个 Ubuntu 18.04 服务器：
一旦这些先决条件到位，您就可以开始了。
第 1 步 — 为 devtools 安装系统依赖项
我们将从交互式 shell 安装 devtools，但在此之前，我们需要安装这些系统依赖项：
sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
有了这些依赖关系，我们就可以继续了。
第 2 步 — 安装 devtools 包
通过 devtools，我们将能够直接从 GitHub、BitBucket、本地文件安装和构建包，并从 CRAN 安装特定版本。 为了使 devtools 在系统范围内可用，我们将以 root 身份进入 R 的 shell：
sudo -i R
在监视器中，我们将使用 install.packages() 功能从官方 Comprehensive R Archive Network (CRAN) 安装 devtools。
install.packages('devtools')
安装可能需要一段时间。 完成后，在安装输出接近尾声时，我们应该看到：
Output... ** testing if installed package can be loaded * DONE (devtools)
接下来，我们将在直接从 GitHub 获取和构建项目时对其进行测试。
第 3 步 — 从 GitHub 安装 R 包
在这一步中，我们将直接从 GitHub 安装 Shiny 的最新开发版本，这是一个 R 的 Web 应用程序框架。 我们将使用 devtools 提供的 install_github 函数来执行此操作。 GitHub 包由其作者 (rstudio) 及其名称 (shiny) 定义，您可以从项目主页面的 GitHub URL 中找到该名称：https://github.com/rstudio/shiny。
使用以下命令进行安装：
devtools::install_github('rstudio/shiny')
当我们在输出末尾附近看到以下行并返回到 R 提示符时，安装已成功完成：
Output. . . ** testing if installed package can be loaded * DONE (shiny) >
我们可以使用以下命令查看我们安装的 Shiny 的特定版本：
packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0.9000’
在下一步中，我们将快速浏览一下 Shiny。 我们首先需要执行几个系统级任务，因此我们将使用以下命令或使用 CTRL-D 退出监视器：
q()
其中任何一个都会提示您保存工作区图像，即包含用户定义对象的 R 工作环境。 这对于我们的目的不是必需的，因此您可以安全地输入 n。
由于我们将使用 Web 浏览器来查看 Shiny 可以做什么的示例，因此我们将确保允许 Web 流量。
检查防火墙
Shiny 是一个 Web 应用程序框架，因此为了在浏览器中查看其示例，我们需要确保防火墙允许 Web 流量。 内置 Web 服务器每次启动时都会随机选择一个端口，除非我们使用特定值启动它。 为了使防火墙管理更容易，我们将在运行示例时指定端口 4040。
让我们检查防火墙的状态，如果我们启用了它：
sudo ufw status
如果您按照我们的先决条件教程进行操作，则仅允许使用 SSH，如以下输出所示：
OutputStatus: active To Action From -- ------ ---- OpenSSH ALLOW Anywhere OpenSSH (v6) ALLOW Anywhere (v6)
您可能有其他规则或根本没有防火墙规则。 由于在这种情况下只允许 SSH 流量，我们将添加端口 4040 并在完成后检查状态。
sudo ufw allow 4040/tcp sudo ufw status
OutputStatus: active To Action From -- ------ ---- OpenSSH ALLOW Anywhere 4040/tcp ALLOW Anywhere OpenSSH (v6) ALLOW Anywhere (v6) 4040/tcp (v6) ALLOW Anywhere (v6)
配置好防火墙后，我们准备看看 Shiny。
运行闪亮：
我们将以普通用户的身份连接到 R。 请务必输入 R 作为标题大小写。
R
接下来，我们将加载 Shiny 包：
library("shiny")
Shiny 包含 11 个内置示例来演示其工作原理。 我们将加载库，然后运行第一个示例。 因为我们在远程服务器上工作，所以我们将指定主机地址以便从我们的本地计算机进行浏览。 我们还将 launch.browser 设置为 FALSE，这样它就不会尝试在远程服务器上启动浏览器。
runExample("01_hello", host = "203.0.113.0", port = 4040, launch.browser= FALSE)
OutputListening on http://203.0.113.0:4040
让我们在网络浏览器中访问这个 URL：
我们安装 Shiny 是为了说明使用 devtools 直接从 GitHub 存储库安装。 然后我们在没有提升权限的情况下运行示例 Shiny 应用程序，以验证所有用户都可以访问该包。
重新安装稳定版 Shiny
对于生产情况，除非我们有令人信服的理由从存储库安装，否则我们将从 CRAN 安装。
让我们花点时间回到稳定包。 首先，我们将使用 CTRL + C 中断服务器，然后使用 CTRL + D 退出 R shell 并以 root 身份重新输入：
sudo -i R
我们可以使用以下命令安装稳定版本，这将覆盖我们在前面步骤中完成的从 GitHub 安装。
install.packages("shiny")
让我们验证版本的变化：
packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0’
输出表明我们现在运行的是稳定版本，而不是我们从 GitHub 安装的版本 1.1.0.9000。
注意： 我们还可以从系统命令行的DESCRIPTION文件中找到有关软件包版本的更多信息。
cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION
结论
在本教程中，我们直接从 GitHub 安装了最新的 Shiny 包，并学习了如何从 CRAN 重新安装其稳定版本。
如果您有兴趣了解更多关于 Shiny 本身的信息，可以查看 RStudio 的 Shiny 教程。 您可能还对 安装开源 RStudio Server 感兴趣，这是在远程 Linux 服务器上运行的 R 版本的接口，它将 IDE 带入基于服务器的部署。
