如何在Debian10上安装R

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介绍

R 是一种开源编程语言,广泛用于开发统计软件、执行数据分析和可视化。 R 为特定研究领域提供了许多用户生成的包,这使其适用于许多领域。

在本教程中,我们将安装 R 并展示如何从官方 Comprehensive R Archive Network (CRAN) 添加包。

先决条件

要学习本教程,您需要一个 Debian 10 服务器:

  • 至少 1GB RAM
  • 具有 sudo 权限的非 root 用户

要了解如何实现此设置,请遵循我们的 Debian 10 初始服务器设置指南

一旦这些先决条件到位,您就可以开始了。

第 1 步 — 安装依赖项

因为 R 是一个快速发展的项目,最新的稳定版本并不总是可以从 Debian 的存储库中获得,所以我们需要添加由 CRAN 维护的外部存储库。 为此,我们需要为 Debian 10 云映像安装一些依赖项。

要执行管理和下载证书的网络操作,我们需要安装 dirmngr 以便我们可以添加外部存储库。

sudo apt install dirmngr --install-recommends

要将 PPA 引用添加到 Debian,我们需要使用 add-apt-repository 命令。 对于此命令可能不可用的安装,您可以通过安装 software-properties-common 将此实用程序添加到您的系统:

sudo apt install software-properties-common

最后,为了确保我们对安全协议有 HTTPS 支持,我们将安装以下工具:

sudo apt install apt-transport-https

有了这些依赖项,我们就可以安装 R 了。

第 2 步 — 安装 R

对于最新版本的 R,我们将从 CRAN 存储库安装。

注意: CRAN 在其网络中维护存储库,但并非所有外部存储库都是可靠的。 请务必仅从受信任的来源安装。


我们先添加相关的 GPG 密钥。

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

当我们运行命令时,我们将收到以下输出:

OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.y6W4E0Gtfp/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: 4 signatures not checked due to missing keys
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <johannes.ranke@jrwb.de>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

一旦我们有了可信密钥,我们就可以添加存储库。 请注意,如果您不使用 Debian 10 (Buster),您可以查看 支持的 R 项目 Debian 分支 ,每个版本都命名。

sudo add-apt-repository 'deb http://cloud.r-project.org/bin/linux/debian buster-cran35/'

现在,我们需要在此之后运行 update 以包含来自新存储库的包清单。

sudo apt update

一旦完成运行并返回到提示符,我们就可以使用以下命令安装 R。

sudo apt install r-base

如果提示确认安装,请按 y 继续。

截至撰写本文时,来自 CRAN 的最新稳定版 R 为 3.5.2,在您启动 R 时显示。

由于我们计划为系统上的每个用户安装一个示例包,我们将以根用户身份启动 R,以便所有用户都可以自动使用这些库。 或者,如果您在没有 sudo 的情况下运行 R 命令,则可以为您的用户设置个人库。

sudo -i R
Output
R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

这确认我们已经成功安装了 R 并进入了它的交互式 shell。

第 3 步 — 从 CRAN 安装 R 包

R 的部分优势在于其可用的丰富附加包。 出于演示目的,我们将安装 txtplot,这是一个输出 ASCII 图形的库,包括散点图、折线图、密度图、acf 和条形图:

install.packages('txtplot')

注意: 以下输出显示了安装包的位置。

Output...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

这个站点范围的路径是可用的,因为我们以 root 运行 R。 这是使包对所有用户可用的正确位置。


安装完成后,我们可以加载txtplot

library('txtplot')

如果没有错误消息,则库已成功加载。 现在让我们通过一个示例来展示它,该示例演示带有轴标签的基本绘图功能。 示例数据,由 R 的 datasets 包提供,包含 汽车的速度和根据 1920 年代 的数据停止所需的距离:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
  120 +                                                   *    +
      |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
   20 +           *    *  * *       *                          +
      |  *      *    *                                         |
    0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
           5          10           15          20          25   
                                speed       

如果您有兴趣了解有关 txtplot 的更多信息,请在 R 解释器中使用 help(txtplot)

任何预编译的包都可以使用 install.packages() 从 CRAN 安装。 要了解有关可用内容的更多信息,您可以通过 Available CRAN Packages By Name list 找到按名称组织的官方软件包列表。

要退出 R,您可以键入 q()。 除非您想保存工作区图像,否则可以按 n

结论

在您的服务器上成功安装 R 后,您可能会对本指南感兴趣 安装 RStudio 服务器 以将 IDE 带到您刚刚完成的基于服务器的部署中。 您还可以学习如何设置 Shiny 服务器 将您的 R 代码转换为交互式网页。

有关如何利用不同工具安装 R 包的更多信息,您可以阅读有关如何直接从 GitHub、BitBucket 或其他位置 安装 的信息。 这将使您能够利用活跃社区的最新作品。